Возможные причины выпадения страниц из индексации Яндекса:

1. Продажа ссылок.

Советы:
1.  Снятие кода биржи, прогон по соц. закладкам и покупка ссылок, добавление новой, уникальной информации на сайт
2. Самостоятельное удаление и добавления сайта в индекс (около 7-10 апов выдачи).
3. Смена домена.

2. Внедрение нового алгоритма.

Перед тем, как Яндекс начинает прикручивать новый алгоритм, наблюдается массовый вылет сайтов.

Советы:
1. Письмо в поддержку.
2. Прогон по соц. закладкам и покупка ссылок

3. Проблема с хостингом.

Бывает что и  хостинг виноват в вылете сайта из индекса.

Советы:
1. Смена хостинга.

4. Вылет без видимых причин.

Советы:
1. Письмо в службу поддержки.
2. Наращивание ссылочной массы покупкой ссылок и прогоном по социальным закладкам.

5 Контент  не уникальный.

Советы:
1. Добавьте на сайт уникальных статей.
2. Нарастите ссылочную массу, добавьте в Webmaster